A praça de pedágio da ViaLagos funciona com 12 pistas de arrecadação, sendo 2 exclusivas do sistema de pedágio automático, 2 mistas – manual ou automática - e 8 operando a arrecadação manual; o sistema de pedagiamento automático permite a passagem do veículo sem a necessidade de parar nas cabines de arrecadação manual. O pagamento é feito via débito em conta com extrato mensal discriminando as rodovias, dias e horários de passagem do veículo. Na ViaLagos, as pistas automáticas permitem a passagem de veículos que possuam afixado no pára-brisa o aparelho eletrônico (TAG) do sistema Onda Livre, Via Fácil e Passe Expresso.